Cross-linking Mass Spectrometry (XL-MS)를 이용한 생체 내 단백질-단백질 상호작용 매핑 원리

Cross-linking Mass Spectrometry (XL-MS)는 살아있는 세포 또는 추출된 단백질 샘플 내에서 실제로 발생하는 단백질-단백질 상호작용(PPI)을 직접적으로 확인하고 매핑하는 강력한 실험 기법입니다.

작동 원리

• 표적 단백질들 사이의 물리적 근접성을 이용하여 공유 결합을 형성하는 크로스링커(Crosslinker)를 첨가합니다.
• 크로스링커는 PPI가 일어난 영역의 단백질들을 화학적으로 연결하여 거대한 복합체를 만듭니다.
• 이후 단백질 혼합물을 질량 분석기(Mass Spectrometer)로 분석하며, 연결된 두 개 이상의 단백질 조각(Peptide) 쌍이 동시에 검출됩니다.

데이터 해석 및 적용

검출된 연결된 펩타이드 쌍(Cross-linked peptide pairs)의 질량 정보를 통해 어떤 단백질들이 서로 가까이 있었는지 계산할 수 있습니다. 이는 단백질 복합체의 구조적 관계도를 밝혀내는 데 필수적이며, 단백질체학 및 신호전달 경로 연구에 광범위하게 응용됩니다.